（一）办公室

　　负责内外联系与综合协调工作；负责机关文秘、档案、信访、信息、保卫、保密工作和综合性会议的组织工作；管理机关财务与后勤工作。负责机关和下属单位的人事管理、劳动工资、机构编制、职称评聘等工作；负责规划和组织环境保护教育、环境系统在职人员岗位培训和继续教育，指导全市环境保护宣传工作。

（二）综合计划科

　　制订全市环境保护中长期规划和计划；参与审核城市总体规划中的环境保护内容；似订九江市环境保护办法；负责市环境保护委员的日常工作和目标责任工作；组织环境行政复议和应诉工作，组织环境保护执法检查；负责系统内基本建设项目的管理；归口管理全市排污收费工作；负责环境治理项目贷款计划、环保补助资金计划的编制；负责全市环境统计、信息工作，监督管理直属单位国有资产、财务和审计工作。

（三）开发监督科

　　拟订九江市建设项目环境保护管理、环境监测等方面的规定、标准，并组织实施，负责建设项目、技术改造项目环境影响的审批和监督实施“三同时”制度，组织环境影响回顾评价，负责全市环境测工作，监督管理全市环境监测网络，组织编写环境质量报告书；编制环保科技发展和产业发展规划，并组织实施；组织环境科技攻关，管理环境科技成果，负责环保产品认证工作，编写环境年鉴和管理环境标志。

（四）污染控制科（挂自然保护科牌子）

　　拟订九江市地方性工业污染防治、城市环境综合整治、自然环境保护、放射性环境管理等方面的规定、标准、并监督实施；编制自然保护区域规划和管理办法；组织城市环境综合整治定量考核；负责市级环保贷款项目治理方案的审查和竣工验收；负责有毒化学品的环境管理；组织重大污染事故和生态破坏事件的调查：

　　纪检组（监察室）按市委九字（１９９５）３０号文件设立。

　　机关的党、团、工会组织按有关章程设置。