1、局机关科室设置
    市环保局机关内设４个职能科（室），另设有机关党委和纪检组以及监察室。
   （1）办公室（宣教法规科）
　　负责内外联系与综合协调工作；负责机关文秘、督查、安全、保密及计划生育工作；管理机关财务与后勤工作；指导全市环境保护队伍建设，组织全市环保系统在职人员岗位培训和继续教育；管理机关和下属单位的人事、劳动工资、机构编制、职称评聘等工作；负责离退休人员管理服务工作；负责办理人大建议、政协提案和信访工作；组织环境行政处罚、行政复议和应诉工作，组织环境保护执法检查；指导全市环境保护宣传工作；负责全市环境保护目标责任制工作。
   （2）计划财务科（科技标准科）
　　制订全市环境保护中长期规划和计划；审核城市总体规划中的环境保护内容；负责环境治理项目贷款计划、环保补助资金计划的编制，归口管理全市排污收费工作；监督管理直属单位国有资产、财务和审计工作；负责全市环境统计、信息工作；组织环境科研攻关，管理环境科研成果；负责环保产品认证、环境标志的管理和推荐工作；负责环境科技标准及资料档案，国际合作项目等工作。
   （3）监督管理科（辐射环境管理科）
    负责建设项目环境影响评价的审批；监督建设项目“三同时”制度和建设项目环境保护全过程管理工作；归口管理全市环境监测工作，组织建设和管理市级环境监测网络；承担辐射环境和放射性废物管理工作。
   （4）污染控制科（自然生态科）
　　贯彻执行国家和省大气、水体、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车的污染防治法律、法规和规章；负责监督管理全市的污染源防治工作；拟订全市工业污染源治理计划并监督实施；组织实施排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理等环境管理制度；组织编制全市环境功能区划；组织城市环境综合整治定量考核；负责市级环境保护贷款和补助资金项目治理方案的审查和竣工验收；负责可用作原料的废物进出口许可工作；监督管理全市自然环境保护工作；负责农村生态环境保护，指导全市生态示范区和生态农业建设；组织重大污染事故和生态破坏事件的调查。
   （5）机关党委
    负责局系统精神文明建设、基层党组织建设及党员的教育管理工作；组织开展工、青、妇等群团工作。
   （6）纪检组（监察室）
    为市纪委（监察局）的派驻机构。
   2、直属事业单位设置
   （1）九江市环境监测站
    九江市环境监测站是一个具有技术监督职能的社会公益性事业单位。行政隶属于九江市环境保护局，业务上接受江西省环境监测中心站指导。全站现有在职职工69人，其中享受国务院特殊津贴1人，省政府津贴1人，教授级高工3人，高级工程师10人，工程师23人，助工14人，技术人员占全站在职职工的80%。监测站下设办公、综合室、业务技术室、水土（生物）监测室、大气监测室、自动监测室、室内环境（汽车尾气）监测室，拥有监测用房1500平方米工，各类监测仪器设备百余台套，进口设备8套，固定资产八百余万元。
    九江市环境监测站是全国环境监测网络二级站，也是国家大气网络站、国家水质网络站，国家酸雨、二氧化硫两控区监测站，长江生态网络监测站和鄱阳湖生态监测站。现已经建成长江河西水厂、鄱阳湖蛤蟆石和永修吴城三个水质自动监测站，城区五个空气自动监测站，实现了九江市空气环境质量日报和饮用水源周报，这些自动站的建设极大的提升了九江市环境监测站的自动化监测能力。九江市站肩负着城区大气、水质、噪声、酸雨、降尘、油烟、汽车尾气等环境质量要素的监测，以及全市污染源统计核查监测，污染源排污收费核查监测，环境评价与“三同时”验收和治理工程项目验收监测，污染事故调查和污染纠纷仲裁监测，为社会提供科技服务和承担委托性监测，为九江市的环境管理和决策提供技术保障和服务。
    九江市环境监测站先后荣获“六五”期间、“八五”期间和“九五”期间“全国环保系统先进监测站”，九八年被国家科技学技术部授予“全国科技抗洪先进集体”，二OOO年被国家人事部、国家环保总局联合评为“全国环境保护先进集体”。多次荣获“江西省环境工作目标管理先进单位”、“江西省环境政务信息、环境质量数据传输、水质月报先进单位”。主持编写的“七五”“八五”和“九五”期间九江市环境质量报告书分获国家环保局优秀质量报告书奖、全国环境质量报告书壹等奖和叁等奖。先后有四项科研课题获江西科技进步三等奖，四项科研课题分获九江科技进步二、三等奖，一人次获国务院特殊津贴和“九五”期间“全国环保系统先进监测站站长”称号，一人次获省政府特殊津贴，一人次获首届江西青年科学家学术年会“江西优秀青年学者”，一人次获九江市第三批“优秀专业技术拔尖人才”称号。
    （2）九江市环境监察支队
    九江市环境监察支队的前身是九江市环境监理所，于1984年成立。2000年正式更名为九江市环境监察支队。隶属九江市环境保护局，为全额拨款的正科级事业单位。现有人员25人，在岗工作人员18人。80%以上具有大中专学历。历年来，多次荣获省市先进集体，是一支团结、向上、务实、进取的执法队伍。
    工作职责：环境监察工作的基本职能是“三查两调一收费”。“三查”是指依法对执行环境保护法规的情况进行现场监督、检查；对各项环境保护管理制度的执行情况进行监督检查；对生态破坏情况进行监督检查。“两调”是指：对环境污染事故和污染纠纷进行现场调查;对生态破坏情况进行调查。“一收费”是指：全面开展排污收费工作。
机构设置：环境监察一大队：负责城市中心区的排污收费和现场执法工作；环境监察二大队：负责城市周边区的排污收费和现场执法工作；环境监察三大队：负责市区重点工业企业的排污收费和现场执法工作；环境稽查大队：负责全市排污收费稽查和专项现场执法工作；行政办公室：负责支队日常事务处理及政策法规、信访投诉、档案管理等工作。
    （3）九江市环境科学研究所
    九江市环境保护工程设计研究所建于1989年6月，是九江市唯一的一家综合性的环境科学研究及环境实用技术开发应用的研究机构，对本地区的环境保护工作具有指导和服务双重功能，在行政和业务上受九江市环境保护局和九江市科学技术委员会的双重领导。
全所现有职工二十人，专业涉及环境工程、化工、物理、生物、医学、经济、计算机、建筑等多学科，专业技术人员占全所职工的80%以上，长期聘请了一批环境工程专家为技术顾问，并有一支长期的建筑施工队伍配合相应的工程施工任务。曾被评为江西省科研系统先进单位和九江市科研先进单位。
    全所设立了环保治理室和环境评价室，配套设置了行政、后勤、情报、信息中心等部门，建立了一套完善的内部管理机制，配备了先进的现代化办公设备，计算机绘图设备，并置有污染治理工程设计软件，环境影响评价所需各种模式计算软件和其它专项仪器设备等，全所的信息管理系统实现微机管理。主要职能 ：从事环境科学综合调查分析，建设项目环境影响评价、水环境综合治理、工业"三废"、城市生活污水、宾馆酒楼及家用油烟净化的治理项目。主要研究成果：对地面水环境的综合评价、河流、湖泊富营养化的研究及综合治理技术上取得了较大的成果，主持参与了多项科研工作，中日合作鄱阳湖水质规划，庐山芦林湖水源保护规划、庐山如琴湖富营养化整治规划等。
   （4）九江市环境宣教信息中心
    江西省九江市环境宣教信息中心成立于2001年7月，是九江市环境保护局直属的事业单位。
    中心的主要工作职责是：拟定九江市环境宣传教育和信息发展的规划和计划，组织开展全年各项环境保护宣传教育活动，负责九江市环境政务的编印工作，负责规划和组织实施全市环境信息网络及应用系统建设，建立健全和管理全市环境信息的收集、传输、存储、处理和应用系统，组织全市的环境技术和信息技术的培训，保障市环保局计算机网络系统与省环境信息网络、市政务信息网络正常连通和信息安全传输，承担九江市环境保护局互联网政府网络的建设、维护。
    目前，中心已与九江电视台、九江电台、九江日报社、浔阳晚报社和省驻浔有关新闻单位建立了良好的工作关系，形成了环境宣传网络，及时报道我市环境保护工作的亮点和难点。中心创建“绿色学校”、“绿色社区”和环境保护宣教基地为重点，努力提高全市人民的环保意识，增强了公众参与环境保护的自觉性，通过网站和噪声自动显示屏宣传国家的环保政策，促进九江市的经济、社会和环境的协调发展。